Los valles de Copiapó, Huasco, Elqui, Limarí y Choapa presentan un paisaje de transición entre el desierto de Atacama y el valle central de clima mediterráneo. De clima benigno, la abundancia de pastos en las zonas de la precordillera andina y la existencia de flujos de agua constante a través de los valles llevó a que tempranamente se instalaran grupos cazadores que ingresaron desde la vertiente oriental de la cordillera. Hacia el 2.500 A.C., éstos desarrollaron una agricultura basada en los cultivos de porotos, calabazas y maíz. Entre el 300 A.C y el 700 de nuestra era, floreció un complejo cultural que ha sido denominado El Molle por los arqueólogos. Éste se caracterizó por el desarrollo de una alfarería de motivos geométricos, una economía agroganadera sustentada en el uso de sistemas de regadío y un patrón de asentamiento semiestable en los valles y en la costa.

Entre el 800 y el 1.000 de nuestra era surgió un nuevo complejo cultural de transición denominado Las Ánimas, el que luego evolucionó hasta convertirse en la cultura Diaguita, denominada así por la aparente coincidencia de motivos alfareros con la cultura homónima de los valles del noroeste argentino. En su período clásico, la cultura diaguita desarrolló complejos sistemas de regadío, una fina cerámica de tonos blancos, rojos y negros y un sistema político de señoríos duales en cada valle, que se repartían el poder entre el curso bajo de los ríos y la costa y el curso medio de los valles y los distintos afluentes. Al parecer, no existió ni unificación lingüística ni política entre los diferentes valles, los que eran controlados por el sistema de señoríos duales (donde dos caciques compartían jurisdicción: uno desde la mitad del territorio hacia la costa y el otro desde la mitad hacia la cordillera de los Andes). Esta división del mundo político en mitades se refleja plenamente en las cerámicas dobles o pareadas y en las de cabezas bicéfalas de personas o animales. También en la simetría de su ornamentación.

En el último tercio del siglo XV los inkas impusieron su dominio sobre los pueblos diaguitas, designando kurakas -funcionarios imperiales- y estableciendo colonos traídos desde diversos lugares del imperio.

La conquista española significó un golpe de muerte para los diaguitas, que fueron reducidos a la servidumbre a través del sistema de encomiendas y reducidos a pueblos de indios, los que a mediados del siglo XVIII habían virtualmente desaparecido merced a la expansión de las grandes haciendas en los valles.